Cytométrie : analyse de fichiers FCS avec gating assisté

2026.10.20-cytometrie-gating-assiste · 2026-10-20

Build livré : d551d19c17c3f3b3af966f67af00e600d9e9cf20

Changements

• Nouvelle entrée « Cytométrie » dans le groupe Recherche : une analyse regroupe des fichiers FCS (un tube = un fichier), comme un espace de travail de cytométrie usuel.
• Lecture des événements FCS 3.1, compensation avec la matrice du fichier (visible dans l'application), transformation d'axes Logicle, biexponentielle, linéaire ou logarithmique.
• Gates dessinées à la souris : rectangle, polygone, ellipse, intervalle, quadrant et booléen, en hiérarchie, avec effectifs, pourcentages du parent et du total, médiane et moyenne par paramètre. Export CSV des statistiques.
• Appliquer les gates sélectionnées à tous les tubes : bouton ou raccourci Ctrl ou ⌘ + Maj + A (Alt + Maj + A en secours). Les copies sont marquées « non revues » et leurs statistiques « provisoires » tant que le graphe de chaque tube n'a pas été vu et la gate validée.
• Chaque gate se valide sur le graphe affiché. La validation est liée à une empreinte de ce graphe : toute modification de la gate ou des données affichées la rend caduque, ainsi que celle de ses gates filles.
• Otto et le MCP : Otto décrit chaque graphe par des nombres (percentiles, vallée de densité, pics), propose des gates d'après les noms de marqueurs (par exemple CD3+ pour les lymphocytes T) et affine la frontière de façon déterministe. Les outils MCP sont en lecture seule.
• Presets : une stratégie validée s'enregistre comme modèle d'équipe (marqueurs et logique de recherche, pas des coordonnées) et s'applique à un autre tube.

Limites connues

• Cytométrie conventionnelle seulement (10 à 20 paramètres) ; pas de tSNE, UMAP, FlowSOM ni de cytométrie spectrale.
• Les fichiers FCS de plus de 100 Mio sont refusés avec un message explicite.
• Les médianes n'ont pas été comparées à des valeurs de référence ; les effectifs des gates rectangulaires l'ont été sur des données réelles (écart d'au plus 0,07 point). L'import des ellipses depuis un espace de travail externe n'est pas converti exactement.
• Une validation faite par Otto ne prouve pas que le graphe a été vu ; la validation par l'interface reste la référence.
• Les presets ne peuvent pas encore être renommés ni supprimés. Le raccourci clavier n'a pas été essayé dans tous les navigateurs.